Największym problemem wyspy jest wtórne zarastanie trzciną pospolitą, co wiąże się m.in. z zaprzestaniem ekstensywnego wypasu zwierząt. Ekspansja trzciny prowadzi do wypierania innych formacji roślinnych i znaczącego spadku różnorodności biologicznej. Zarośnięcie obszaru przez trzcinowiska skutkuje również utratą cennych siedlisk lęgowych wielu gatunków ptaków. Istotnym zagrożeniem jest także działalność drapieżników, takich jak lis, jenot czy niektóre ptaki krukowate. Obecność tych gatunków znacząco obniża sukces lęgowy ptaków gniazdujących na ziemi, np. kaczek i siewek łąkowych. Poważnym wyzwaniem są zmiany stosunków wodnych spowodowane zmianami klimatycznymi. Coraz rzadsze cofki wód morskich z Bałtyku skutkują mniejszym zasilaniem wyspy słoną wodą, która odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu nadmorskich solnisk – jednych z najcenniejszych siedlisk przyrodniczych tego obszaru.

Rezerwat jest ważnym punktem przystankowym dla ptaków migrujących – znajduje się w zasięgu wschodnioatlantyckiego szlaku migracyjnego. Wiele gatunków ptaków korzysta z wyspy jako miejsca odpoczynku i regeneracji sił – zatrzymują się tu stada gęsi, kaczek, żurawi, kszyków, a także czajek, kulików wielkich i innych siewek łąkowych. Badania z końca ubiegłego wieku wykazały występowanie stosunkowo dużej populacji lęgowej wodniczki oraz cennych gatunków z grupy siewkowców z biegusem zmiennym podgatunku schinzii. Szczególnie istotny był fakt zasiedlania obszaru przez wodniczkę, gdyż zarówno wtedy, jak i obecnie gatunek ten jest jednym z najbardziej zagrożonych wymarciem ptaków wróblowych kontynentalnej Europy. Dziś wodniczka z tego terenu się wycofała ze względu na załamanie się całej zachodniopomorskiej populacji (ale nadal istnieje nadzieja na jej powrót). Ważnym gatunkiem dla Karsiborskiej Kępy jest bielik – symbol Wolińskiego Parku Narodowego. Gatunek ten korzysta z ptasiego dobrobytu wyspy. Na Karsiborskiej Kępie utrzymują się też populacje lęgowe czajki (Vanellus vanellus), krwawodzioba Tringa totanus, wąsatki Panurus biarmicus, kszyka Gallinago gallinago, żurawia Grus grus, gęgawy Anser anser oraz pojedyncze pary pliszki cytrynowej Motacilla citreola. Swoich sił próbują tu również ohary Tadorna tadorna. W rezerwacie ochronie podlegają także solniska nadmorskie, w skład których wchodzą rzadkie i cenne zbiorowiska roślinne uzależnione od regularnego zalewania przez słoną wodę. Wyróżnia się dwa podstawowe, które występują w mozaice: nadmorska łąka halofilna czyli łąka słonolubna (słonawa) i szuwar oczeretowy halofilny (słonolubny). Największą ciekawostką florystyczną jest babka pierzasta (Plantago coronopus) mająca tu jedyne naturalne stanowisko w Polsce.

Półnaturalny charakter przyrody rezerwatu oraz postępująca sukcesja trzcinowisk zobowiązują OTOP do stałych działań mających na celu zachowanie walorów przyrodniczych tego miejsca, tj. utrzymanie i zwiększenie populacji lęgowych ptaków siewkowych, przywrócenie i utrzymanie populacji lęgowej wodniczki oraz utrzymanie solniskowego charakteru roślinności wyspy. Zachowanie siedlisk lęgowych ptaków związanych z terenami podmokłymi jest możliwe poprzez koszenie zwartych trzcinowisk i zapewnienie odpowiednich dla ptaków wodno-błotnych warunków wodnych w okresie lęgowym. Wieloletnie powtarzanie procesu prowadzi do rozrzedzenia i osłabienia trzcinowisk, a tym samym udostępnienia większej przestrzeni i dogodniejszych warunków świetlnych turzycom i gatunkom słonolubnym. Zachodnia część wyspy koszona jest co najmniej jeden raz w roku, każdorazowo usuwana jest cała skoszona biomasa. Zabieg ten umożliwia utrzymanie dogodnych siedlisk lęgowych dla ptaków siewkowych: czajki Vanellus vanellus, kszyka Gallinago gallinago i krwawodzioba Tringa totanus oraz odsłania światłolubne murawy solniskowe. OTOP BirdLife Polska prowadzi także tzw. „koszenia inicjalne” polegające na pozbyciu się zwartych szuwarów trzcinowych, które zdążyły pokryć długo nieużytkowane tereny. Jest to jeden z ważnych elementów mających na celu odtworzenie dawnych siedlisk, zarówno roślinnych jak i ptasich. Kluczowym działaniem wspólnym zarówno dla roślin, jak i ptaków jest dostosowanie gospodarki wodą w rezerwacie do potrzeb ochrony przyrody. Aby utrzymać odpowiedni poziom, a także jakość wody, wykonano odpowiednie ujęcia wody ze Świny oraz zmodernizowano stację pomp. Dzięki temu zapewniony został optymalny poziom wody w rozlewiskach, kałużach i rowach – niezbędny dla ptaków w czasie lęgów. Pobór wody ze Świny zapewnia jednocześnie odpowiednie zasolenie wody warunkującej utrzymywanie się solnisk. Obecnie trwają prace nad zmodernizowanym i usprawnieniem całego systemu, aby dostosować go do aktualnych zmian zachodzących w środowisku.

Większość działań ochronnych realizowanych przez OTOP BirdLife Polska w rezerwacie podlega stałemu wewnętrznemu monitoringowi – przede wszystkim gromadzone są dane opisujące charakter podejmowanych działań, ich lokalizację i efektywność. Najważniejsze to monitoring szaty roślinnej i monitoring ptaków lęgowych. Analizy zebranych danych pozwalają na kontrolę i ocenę skuteczności podejmowanych przez OTOP działań ochronnych.