To teren torfowisk wysokich. Rozwój poszczególnych torfowisk na tym obszarze rozpoczął się w różnym czasie w okresie holocenu. Torfowisko Baligówka jest uważane za najstarsze, jego wiek szacowany jest na około 9000 lat. Do czasu rozpoczęcia rolniczej kolonizacji tego obszaru (średniowiecze) cała Kotlina Orawsko-Nowotarska była pokryta warstwą torfu o różnej grubości. Rolnictwo rozwijało się na obszarach o najcieńszej warstwie torfu. Obecnie pozostałości tej warstwy można znaleźć w postaci torfów łąkowych i leśnych (lasów bagiennych). Większość kopuł torfowisk wysokich (miejsc o największej grubości torfu, nieużytkowanych rolniczo) przetrwała, ale ich powierzchnia została znacznie zmniejszona, głównie w wyniku eksploatacji torfu (na cele opałowe, ogrodnicze i lecznicze) oraz wypalania torfowisk pod grunty orne. Niszczenie kopuł torfowych rozpoczęło się w XIX wieku, a dziś jego skala jest znacznie mniejsza, jednak lokalnie torf jest nadal wydobywany – legalnie przez Zakład Torfowy w Podczerwonym (obszar wydobycia obejmuje 13,2 ha).

Obszar Natura 2000 Torfowiska Orawsko-Nowotarskie PLC120003 chroni 14 typów siedlisk z załącznika I dyrektywy siedliskowej oraz 26 gatunków zwierząt z załącznika II dyrektywy siedliskowej lub załącznika I dyrektywy ptasiej. Obszar kopuł torfowych i ich bezpośrednie otoczenie są szczególnie ważne dla ochrony roślinności związanej z typami siedlisk z załącznika I: 7110 (czynne torfowiska wysokie), 7120 (zdegradowane torfowiska wysokie, wciąż zdolne do naturalnej regeneracji), 91D0 (lasy bagienne) i 7230 (torfowiska alkaliczne), a także dla malejącej populacji silnie zagrożonego cietrzewia (Lyrurus tetrix).

W latach 2021-2026 OTOP wraz z Klubem Przyrodników realizują projekt LIFE MultiPeat, mający na celu optymalizację systemu hydrologicznego zdegradowanych torfowisk oraz redukcję emisji gazów cieplarnianych i przywrócenie optymalnych warunków do wznowienia funkcji sekwestracyjnych na Torfowiskach Orawsko-Nowotarskich. W tym celu zrekultywowano i zmodernizowano hydrologicznie 252 ha zdegradowanych torfowisk. Główne działania rekultywacyjne polegały na zamknięciu rowów melioracyjnych w celu podniesienia poziomu wód gruntowych w trzech kopułach torfowych – Baligówce, oraz Borze za Lasem Kaczmarka (torfowisko w przeszłości podzielone zostało w wyniku eksploatacji torfu na dwie kopuły). Rowy zablokowano w 151 miejscach, stosując przegrody drewniane lub drewniano-torfowowe. Dodatkowe działania obejmowały usunięcie nieporządanej roślinności drzewiastej (drzew i krzewów Pinus spp.) na obszarze 5 ha południowego fragmentu kopuły Bór za Lasem Kaczmarka. Miało to na celu ograniczenie transpiracji i szybszą rehabilitację roślinności torfotwórczej. Znacznie większy obszar (ok. 110 ha) został objęty wycinką drzew w ramach projektu realizowanego przez Regionalną Dyrekcję Ochrony Środowiska w Krakowie na kopule torfowiskowej Baligówka. Ponadto kompleksowe działania ochrony czynnej realizowane były w zarządzanym przez Nadlesnictwo Nowy Targ rezerwacie Bór na Czerwonem we wschodniej części obszaru Natura 2000. Działania rekultywacyjne są zgodne z obowiązującym planem zarządzania obszarem Natura 2000.

W projekcie LIFE MultiPeat wdrożono monitoring siedlisk, obejmujące badania roślinności, hydrologii, gazów cieplarnianych, a także cietrzewia. Monitoring roślinności przeprowadzono na działkach roślinnych, gdzie zebrano dane dotyczące procentowego pokrycia roślinnością i docelowych gatunków wskaźnikowych siedlisk. Monitoring hydrologiczny obejmował pomiar poziomu wód gruntowych w 50 automatycznych punktach monitorowania poziomu wody (piezometry z automatycznymi rejestratorami – diverami), wspieranych przez barodiwery i terenową automatyczną stację meteorologiczną (temperatura i opady), w celu prawidłowej interpretacji pomiarów poziomu wody. Wpływ działań rekultywacyjnych na klimat mierzono poprzez ilościowe określenie emisji gazów cieplarnianych, obliczenie bieżących rocznych budżetów emisji gazów cieplarnianych i potencjalnych oszczędności w przyszłości. Emisje gazów cieplarnianych podczas rekultywacji monitorowano za pomocą ręcznych, zamkniętych pomiarów terenowych CO2, CH4 i N2O w komorach. Przepływy gazów cieplarnianych szacowano za pomocą metody GEST. Bezzałogowe statki powietrzne (UAV) z kamerami multispektralnymi wykorzystano do uzyskania wysokiej jakości ortofotomap dla mapy roślinności i oceny pokrywy roślinnej.