Głównym problemem Krajnika jest zasobność w wodę. Dane z monitoringów wskazują, że lęgi ptaków na tym obszarze są zdecydowanie gorsze w latach suchych. Pokrycie terenu wodą zależy od funkcjonowania stacji pomp znajdującej się w okolicy. Dużym wyzwaniem jest konflikt interesów pomiędzy właścicielami okolicznych działek, ponieważ części z nich, ze względu na prowadzenie określonego sposobu gospodarowania gruntami, zależy na niższym poziomie wód gruntowych niż optymalny dla celów związanych z ochroną przyrody. Narasta tendencja do zarzucania ekstensywnego użytkowania łąk i pastwisk.

Struktura wegetacji na terenie obiektu to wynik długotrwałego tradycyjnego, mało intensywnego gospodarowania siedliskiem. W zależności od obszaru, udział turzyc w wegetacji waha się od 30% do 70%, resztę stanowią trawy. Na terenie Krajnika regularnie prowadzą lęgi kszyk Gallinago gallinago, czajka Vanellus vanellus i krwawodziób Tringa totanus. Znajdują się tu także niewielkie kolonie rybitwy czarnej Chlidonias niger. Swoje lęgi realizują tu brzęczka Locustella luscinioides, derkacz Crex crex, krzyżówka Anas platyrhynchos, łabędź niemy Cygnus olor, żuraw Grus grus, gągoł Bucephala clangula i krakwa Mareca strepera. Obecne są błotniaki stawowy Circus aeruginosus i łąkowy C. pygargus oraz bielik Haliaeetus albicilla.

Głównym działaniem jest utrzymywanie ekstensywnego użytkowania łąk i pastwisk. Prowadzone są działania nad umożliwieniem zarządzania wodą tak, aby rozwiązać kwestię osuszania dla innych typów gospodarowania terenem – np. przez planowaną budowę zastawki, która uniezależni tereny OTOP-u od innych użytkowników gruntów i pozwoli na swobodne utrzymanie wody na gruntach.

Większość działań ochronnych realizowanych przez OTOP podlega stałemu wewnętrznemu monitoringowi – przede wszystkim gromadzone są dane opisujące charakter podejmowanych działań, ich lokalizację i efektywność. Najważniejsze monitoringi to monitoring szaty roślinnej i ptaków lęgowych. Analizy zebranych danych pozwalają na kontrolę i ocenę skuteczności podejmowanych działań ochronnych.